Interfaces de interações proteína-proteína contêm informações importantes sobre o reconhecimento molecular. Este trabalho versa sobre a descoberta de padrões conservados nesta região. Nós entendemos que é essencial compreender como substratos e inibidores são ligados ou para predizer a ligação molecular. Quando um inibidor liga-se a enzimas com estruturas, sequências ou mecanismos diferentes, nós chamamos esta falta de especificidade de Inibição Cruzada. A identicação de variantes é um tarefa difícil no qual os métodos tradicionais podem falhar. Para entender como a inibição cruzada ocorre, nós modelamos o problema e propomos uma metodologia, na qual chamamos de HydroPaCe (Hydrofobic Patch Centroid ) e avaliamos, por meio de métrica de cobertura penalizada PRM (Penalized Recall Metric), para detectar padrões conservados. Os átomos hidrof óbicos que compõem a interface foram modelados como grafos de interações apolares e os patches ou regiões conectadas foram computadas e sumarizadas em centroides geométricos (HP-centroides), e sua conservação foi detectada. Nós analisamos dois casos de inibição cruzada, sendo um com o inibidor Ovomovoide (5 complexos não redundantes) e outro com o inibidor Eglina C (4 complexos não redundantes). Além disso, duas famílias de serino proteases, as Tipo Tripsina (35 estruturas não redundantes) e Tipo Subtilisina (9 estruturas não redundantes), com cadeias simples foram analisadas, usando técnica de projeção da interface. Os padrões encontrados nas interfaces das inibições cruzadas foram encontrados na maioria das enzimas destas famílias. Acreditamos que nossa metodologia atingiu um nível de abstração para obter propriedades invariantes em inibição cruzada. Nós mostramos exemplos onde os HP-centroides foram preditos com sucesso em enzimas por inibidores já estudados, de acordo com a base de dados BRENDA. Por fim, nós disponibilizamos todos os códigos, usados nos passos metodológicos, bem como, tutoriais e exemplos em www.dcc.ufmg.br/raquelcm/hydropace.

Interfaces of protein-protein interactions contain important information about molecular recognition. This work aims at the discovery of conserved patterns in this region. We believe it is essential to understand how substrates and inhibitors are bound and for predicting molecular binding. When an inhibitor binds to enzymes with different structures, sequences or mechanisms, we call this lack of specicity of Cross-Inhibition. The identication of variants is a dicult task for which traditional methods may fail. To understand how the cross-inhibition occurs, we model the problem and propose a methodology, whichwe call HydroPaCe(HydrofobicPatch Centroid) and we evaluate, through penalized recall metric - PRM, to detect preserved patterns. The hydrophobic atoms that belong to the interface were modeled as graphs of apolar interactions and hydrofobic connected regions or patches were computed and summarized by geometric centroids (HP-centroids), andtheir conservation is detected. We analyze two cases of cross-inhibition, one with the inhibitor Ovomovoid (5 non-redundant complexes) and another with the inhibitor Eglin C (4 non-redundant complexes). In addition, two families of serine proteases with single chain (apo-enzymes) were analyzed using projection of the interface technique: The Trypsin-like (35 non-redundant structures) and the Subtilisin-like (9 non-redundant structures). The patterns found in the interfaces of cross-inhibitions were found in most enzymes these families. We believe that our methodology achieves an appropriate level of abstraction toobtain invariant properties in cross-inhibition. We show examples in which HP-centroids successfully predicted enzymes that could be inhibited by the studied inhibitors according to BRENDA database. Finally, we provide all codes used in the methodological steps, aswell as tutorials and examples in www.dcc.ufmg.br/raquelcm/hydropace.