La Colección CDS (también conocida como el Herbario) fue formalizada en 1994, y ha estado funcionando desde los años iniciales de la Fundación. Es hogar de más que 45000 especímenes de plantas vasculares y no vasculares, así como de organismos que se asemejan a las plantas como líquenes, algas y hongos, con casi 1,000 especímenes nuevos añadidos cada año. Casi 80% de los especímenes en la colección son plantas vasculares, el resto 20% son criptógamas (las plantas no vasculares y organismos que se asemejan a las plantas). La mayoría de especímenes en el Herbario son de organismos nativos de las Islas Galápagos, sin embargo, el Herbario también incluye especies invasoras e introducidas los cuales son ahora parte de la flora de las Islas.