On sait peu de choses sur les facteurs parasites/hôtes qui conduisent à la leishmaniose cutanée post-kala-azar (PKDL) chez certains patients atteints de leishmaniose viscérale (CV) après la cure médicamenteuse. Des études au Soudan fournissent des preuves de l'association entre les polymorphismes du gène (IFNGR1) codant pour la chaîne alpha du récepteur de l'interféron-γ de type I et le risque de PKDL. Cette étude visait à identifier des polymorphismes fonctionnels présumés dans le gène IFNGR1 et à déterminer si les différences d'expression de l'interféron-γ (IFNG) et de l'IFNGR1 au niveau de l'ARN sont associées à la pathogenèse de la CV et/ou de la PKDL au Soudan. Le séquençage de Sanger a été utilisé pour reséquencer 841 pb de l'amont, de l'exon1 et de l'intron1 du gène IFNGR1 dans l'ADN de 30 patients PKDL. Les outils bioinformatiques LAGAN et SYNPLOT ont été utilisés pour comparer des séquences humaines, de chimpanzés et de chiens afin d'identifier des séquences non codantes conservées portant des éléments régulateurs putatifs. L'expression relative de l'IFNG et de l'IFNGR1 dans des échantillons d'ARN pré et post-traitement appariés provenant des ganglions lymphatiques de 24 patients atteints de LV, et dans des échantillons d'ARN provenant de biopsies cutanées de 19 patients atteints de PKDL, a été mesurée à l'aide d'une PCR en temps réel. L'expression pré- versus post-traitement a été évaluée statistiquement à l'aide du test non paramétrique Wilcoxon matched pairs signed-rank. Dix variants ont été identifiés dans les 841 pb de séquence, dont quatre sont de nouveaux polymorphismes à -77A/G, +10 C/T, +18C/T et +91G/T par rapport au site d'initiation de l'IFNGR1. Un groupe de séquences non codantes conservées avec des variants régulateurs putatifs a été identifié chez le promoteur distal de IFNGR1. L'expression variable de l'IFNG a été détectée dans les sucs ganglionnaires des patients atteints de CV avant le traitement, avec une réduction marquée (P = 0,006) de l'expression après le traitement. L'expression de l'IFNGR1 était également variable dans les sucs ganglionnaires des patients atteints de CV, sans réduction significative de l'expression avec le traitement. L'expression de l'IFNG était indétectable dans les biopsies cutanées des cas de PKDL, tandis que l'expression de l'IFNGR1 était également uniformément faible. Une expression uniformément faible de l'IFN et de l'IFNGR1 dans les biopsies cutanées PKDL pourrait expliquer la persistance du parasite et est compatible avec la démonstration préalable d'une association génétique avec les polymorphismes de l'IFNGR1. L'identification de nouveaux variants rares potentiellement fonctionnels à l'IFNGR1 apporte une contribution générale importante à la connaissance des variants rares potentiellement pertinents dans cette population soudanaise.

Se sabe poco sobre los factores del parásito/huésped que conducen a la leishmaniasis dérmica post Kala-azar (PKDL) en algunos pacientes con leishmaniasis visceral (VL) después de la curación con medicamentos. Los estudios en Sudán proporcionan evidencia de la asociación entre los polimorfismos en el gen (IFNGR1) que codifica la cadena alfa del receptor de interferón-γ tipo I y el riesgo de PKDL. Este estudio tuvo como objetivo identificar polimorfismos funcionales putativos en el gen IFNGR1 y determinar si las diferencias en la expresión de interferón-γ (IFNG) e IFNGR1 a nivel de ARN están asociadas con la patogénesis de VL y/o PKDL en Sudán. Se utilizó la secuenciación de Sanger para volver a secuenciar 841 pb de secuencia arriba, exón1 e intrón1 del gen IFNGR1 en ADN de 30 pacientes con PKDL. Se utilizaron herramientas bioinformáticas LAGAN y SYNPLOT para comparar secuencias humanas, de chimpancés y de perros para identificar secuencias no codificantes conservadas que llevan elementos reguladores putativos. La expresión relativa de IFNG e IFNGR1 en muestras de ARN emparejadas antes y después del tratamiento de los ganglios linfáticos de 24 pacientes con VL, y en muestras de ARN de biopsias de piel de 19 pacientes con PKDL, se midió mediante PCR en tiempo real. La expresión previa al tratamiento versus posterior al tratamiento se evaluó estadísticamente utilizando la prueba no paramétrica de rangos con signo de pares emparejados de Wilcoxon. Se identificaron diez variantes en los 841 pb de la secuencia, cuatro de los cuales son polimorfismos novedosos en -77A/G, +10 C/T, +18C/T y +91G/T en relación con el sitio de inicio de IFNGR1. Se identificó un grupo de secuencias no codificantes conservadas con supuestas variantes reguladoras en el promotor distal de IFNGR1. La expresión variable de IFNG se detectó en aspirados de ganglios linfáticos de pacientes con VL antes del tratamiento, con una marcada reducción (P = 0.006) en la expresión después del tratamiento. La expresión de IFNGR1 también fue variable en los aspirados de ganglios linfáticos de pacientes con VL, sin una reducción significativa en la expresión con el tratamiento. La expresión de IFNG fue indetectable en las biopsias de piel de los casos de PKDL, mientras que la expresión de IFNGR1 también fue uniformemente baja. La expresión uniformemente baja de IFN e IFNGR1 en biopsias cutáneas de PKDL podría explicar la persistencia del parásito y es consistente con la demostración previa de asociación genética con polimorfismos de IFNGR1. La identificación de nuevas variantes raras potencialmente funcionales en IFNGR1 hace una importante contribución general al conocimiento de variantes raras de posible relevancia en esta población sudanesa.

Little is known about the parasite/host factors that lead to Post Kala-azar Dermal Leishmaniasis (PKDL) in some visceral leishmaniasis (VL) patients after drug-cure. Studies in Sudan provide evidence for association between polymorphisms in the gene (IFNGR1) encoding the alpha chain of interferon-γ receptor type I and risk of PKDL. This study aimed to identify putative functional polymorphisms in the IFNGR1 gene, and to determine whether differences in expression of interferon-γ (IFNG) and IFNGR1 at the RNA level are associated with pathogenesis of VL and/or PKDL in Sudan. Sanger sequencing was used to re-sequence 841 bp of upstream, exon1 and intron1 of the IFNGR1 gene in DNA from 30 PKDL patients. LAGAN and SYNPLOT bioinformatics tools were used to compare human, chimpanzee and dog sequences to identify conserved noncoding sequences carrying putative regulatory elements. The relative expression of IFNG and IFNGR1 in paired pre- and post-treatment RNA samples from the lymph nodes of 24 VL patients, and in RNA samples from skin biopsies of 19 PKDL patients, was measured using real time PCR. Pre- versus post-treatment expression was evaluated statistically using the nonparametric Wilcoxon matched pairs signed-rank test. Ten variants were identified in the 841 bp of sequence, four of which are novel polymorphisms at -77A/G, +10 C/T, +18C/T and +91G/T relative to the IFNGR1 initiation site. A cluster of conserved non-coding sequences with putative regulatory variants was identified in the distal promoter of IFNGR1. Variable expression of IFNG was detected in lymph node aspirates of VL patients before treatment, with a marked reduction (P = 0.006) in expression following treatment. IFNGR1 expression was also variable in lymph node aspirates from VL patients, with no significant reduction in expression with treatment. IFNG expression was undetectable in the skin biopsies of PKDL cases, while IFNGR1 expression was also uniformly low. Uniformly low expression of IFN and IFNGR1 in PKDL skin biopsies could explain parasite persistence and is consistent with prior demonstration of genetic association with IFNGR1 polymorphisms. Identification of novel potentially functional rare variants at IFNGR1 makes an important general contribution to knowledge of rare variants of potential relevance in this Sudanese population.

لا يُعرف سوى القليل عن عوامل الطفيليات/المضيف التي تؤدي إلى داء الليشمانيات الجلدي بعد كالازار (PKDL) في بعض مرضى داء الليشمانيات الحشوي (VL) بعد العلاج بالعقاقير. تقدم الدراسات في السودان دليلاً على الارتباط بين تعدد الأشكال في الجين (IFNGR1) الذي يشفر سلسلة ألفا من مستقبلات الإنترفيرون γ من النوع الأول وخطر PKDL. تهدف هذه الدراسة إلى تحديد الأشكال المتعددة الوظيفية المفترضة في جين IFNGR1، وتحديد ما إذا كانت الاختلافات في التعبير عن الإنترفيرون γ (IFNG) و IFNGR1 على مستوى الحمض النووي الريبوزي مرتبطة بإمراض VL و/أو PKDL في السودان. تم استخدام تسلسل Sanger لإعادة تسلسل 841 bp من المنبع، exon1 و intron1 من جين IFNGR1 في الحمض النووي من 30 مريض PKDL. تم استخدام أدوات المعلوماتية الحيوية LAGAN و SYNPLOT لمقارنة تسلسلات الإنسان والشمبانزي والكلاب لتحديد التسلسلات غير المشفرة المحفوظة التي تحمل عناصر تنظيمية مفترضة. تم قياس التعبير النسبي لـ IFNG و IFNGR1 في عينات الحمض النووي الريبوزي المقترنة قبل وبعد العلاج من الغدد الليمفاوية لـ 24 مريض VL، وفي عينات الحمض النووي الريبوزي من خزعات الجلد لـ 19 مريض PKDL، باستخدام تفاعل البوليميراز المتسلسل في الوقت الحقيقي. تم تقييم تعبير ما قبل المعالجة مقابل تعبير ما بعد المعالجة إحصائيًا باستخدام اختبار ويلكوكسون غير البارامتري المطابق للأزواج الموقعة. تم تحديد عشرة متغيرات في 841 نقطة أساس من التسلسل، أربعة منها عبارة عن تعدد أشكال جديد عند -77A/G، +10 C/T، +18 C/T و +91 G/T بالنسبة لموقع بدء IFNGR1. تم تحديد مجموعة من التسلسلات غير المشفرة المحفوظة مع المتغيرات التنظيمية المفترضة في المحفز البعيد لـ IFNGR1. تم الكشف عن التعبير المتغير لـ IFNG في شفطات العقدة الليمفاوية لمرضى VL قبل العلاج، مع انخفاض ملحوظ (P = 0.006) في التعبير بعد العلاج. كان تعبير IFNGR1 متغيرًا أيضًا في شفطات العقدة الليمفاوية من مرضى VL، مع عدم وجود انخفاض كبير في التعبير مع العلاج. كان تعبير IFNG غير قابل للكشف في خزعات الجلد لحالات PKDL، في حين كان تعبير IFNGR1 أيضًا منخفضًا بشكل موحد. يمكن أن يفسر التعبير المنخفض بشكل موحد عن IFN و IFNGR1 في خزعات جلد PKDL استمرار الطفيليات ويتسق مع العرض المسبق للارتباط الجيني مع تعدد أشكال IFNGR1. إن تحديد المتغيرات النادرة الجديدة التي يحتمل أن تكون وظيفية في IFNGR1 يقدم مساهمة عامة مهمة في معرفة المتغيرات النادرة ذات الصلة المحتملة في هؤلاء السكان السودانيين.