El nominativo Vertebrado provienen del vocablo latino vertebrātus, que se refiere a los organismos que poseen vértebras, las cuales, se encuentran a lo largo de la superficie dorsal del cuerpo desde la cabeza hasta la cola, formando el eje principal del esqueleto del cuerpo. Los Vertebrados que se encuentran en la VCCDRS son Anfibios, Reptiles, Aves y Mamíferos.Los especímenes de vertebrados han sido colectados y depositados en la VCCDRS desde el inicio del funcionamiento de la Fundación Charles Darwin en los años sesenta. En la actualidad son más de 2200 especímenes que tiene la colección, pertenecientes a 144 especies, siendo el 47% de todas las especies de vertebrados registrados en el archipiélago hasta la fecha. Especímenes muy interesantes como desde el pequeño pinzón cantor (Certhidea sp.) de 8 gramos de peso, hasta un esqueleto completo de una ballena de Bryde (Balaenoptera edeni) de 8 toneladas de peso, y organismos colectados hace más de un siglo, como el pachay (Laterallus spilonota) se encuentran preservados en la VCCDRS.En la actualidad, el incremento del número de especímenes en la colección ocurre cuando un organismo es encontrado muerto o herido, y este no puede ser rehabilitado. La colección deliberada de organismos enteros no está autorizada por la Dirección del Parque Nacional Galápagos y está prohibida la cacería como derecho de los animales, según la Constitución del Ecuador. Una vez que el individuo es colectado, el personal realiza una necropsia, toma de muestras genéticas e histopatológicas y continúa con el proceso de la taxidermia.