La colección de hongos de la PUCE se inició como parte de las muestras albergadas en el Herbario QCA en la Escuela Ciencias Biológicas. En el año 2000, la colección de hongos se separó del herbario para formar el Fungario QCAM. La intención fue mejorar la calidad de la colección de hongos para permitir estudiar la vasta diversidad micológica del Ecuador. Dos importantes colaboraciones internacionales contribuyeron de forma significativa al aumento del número de especímenes en el Fungario. La primera, con la British Mycological Society en 1993 dentro de la Reserva de Producción Faunística Cuyabeno, y la segunda, con la Universidad de Copenhauge, Dinamarca durante los años 2002-2004, en varias localidades de la costa, sierra y oriente del Ecuador. Como resultado de esta última colaboración se lograron identificar hasta especie a un gran número de colecciones, y formar una base de datos con imágenes de muchas de las muestras. Se creó una página web donde se encuentra información importante sobre la diversidad micológica del Ecuador (https://www.mycokey.com/Ecuador.html), pero esta no está bajo la administración del Fungario QCAM. Proyectos de investigación relativos a la biodiversidad de hongos dentro de parques nacionales del Ecuador han contribuido de manera importante en el incremento del número de colecciones. Estos proyectos cuentan con la participación de investigadores y estudiantes tanto de la Escuela de Ciencias Biológicas como de otras universidades dentro y fuera del país.

El Fungario QCAM forma parte de un grupo importante de museos y colecciones biológicas de la PUCE albergadas dentro de la Escuela de Ciencias Biológicas. La colección de hongos actualmente cuenta con cerca de 7700 especímenes ecuatorianos representantes de varias localidades del país, haciendo de ésta la colección más grande de hongos del Ecuador. También cuenta con colecciones vivas de cultivos de hongos y una colección de fitopatógenos criopreservados, tejidos y extracciones de ADN, las cuales constituyen un banco de genoma de invaluable importancia. El Fungario es una entidad que se dedica a la investigación científica, formación de investigadores, y a salvaguardar una parte importante de la diversidad biológica.