Des études ont été menées sur le vecteur majeur de la Trypanosomose Humaine Africaine, en Côte d’Ivoire, Glossina palpalis palpalis. Trois sites ont donc été choisis : la forêt du Banco et ses reliques forestières que sont le parc zoologique et l’Université Nangui Abrogoua. L’objectif général de cette étude était de détecter un éventuel isolement des populations de G. p. palpalis de ces 3 sites et d’évaluer l’effet de la peinture insecticide de micro encapsulation bio-polymérique Inesfly™ 5 A IGR NG sur la densité des glossines du parc zoologique. Sept marqueurs microsatellites ont été utilisés pour les analyses génétiques. La peinture Inesfly™ 5 A IGR NG a été appliquée à l’extérieur des murs des cages des animaux du parc zoologique. Les sites de la forêt du Banco et l’Université Nangui Abrogoua étaient les sites témoins. Les résultats de ces analyses génétiques ont conclu à l’existence probable de flux génique entre les populations de glossines de ces trois sites. A l’échelle microgéographique, c’est-à-dire à Abidjan, ces 3 populations sont proches, d’où l’existence probable de flux génique entre ces différentes populations de G. p. palpalis. Plus de six mois après l’application de la peinture insecticide, le nombre de glossines capturées sur le site du parc zoologique avait fortement diminué avec un taux de réduction du 1/3. Face au risque encouru par les populations humaines et animales de cette ville du fait de la présence du vecteur majeur de la Trypanosomose Humaine Africaine, des études supplémentaires seront nécessaires pour évaluer l'impact environnemental de cette peinture avant salarge diffusion comme outil de lutte contre les glossines.Mots clés : Structure génétique, glossine, peinture insecticide Inesfly™ 5 A IGR NG, forêt du Banco, parc zoologique d’Abidjan, Université Nangui Abrogoua.