Por las condiciones del humedal, la fauna es bastante diversa con variedad de aves residentes y migratorias. De este modo, el presente recurso contiene la información asociada a 373 registros de aves observadas en el 2019 en dos sectores del Santuario de Flora Isla de la Corota, correspondientes al sendero Quiche y la zona general de recreación en El Encano al interior del área protegida. Las aves están representadas en 33 especies, agrupadas en 27 géneros y 13 familias, como resultado de las actividades de monitoreo dentro del área protegida.

El Santuario de Flora Isla de la Corota, que de lejos parece el caparazón de una gran tortuga a punto de emerger del agua, está ubicado en el norte del lago Guamués o la Laguna de la Cocha, humedal de importancia internacional declarado por la Convención Ramsar. La isla ovalada está rodeada por una franja de totora y aunque es el área protegida más pequeña del país es parte del importante y complejo sistema ambiental de la laguna de la Cocha.

Esta área protegida posee formaciones de bosque muy húmedo de piso térmico frío (bosque andino insular lacustre) que teje una bóveda de más de 20 metros de altura. El bosque está en buen estado de conservación y en avanzado estado de sucesión dentro de su proceso de recuperación, a pesar de haber estado sujeto a procesos de intervención en el pasado.