El primer comisionado y a la vez primer zoólogo en la Real Expedición Botánica al Nuevo Reino de Granada, fue Fray Diego García, quien a partir de 1793 recorrió durante cerca de seis años los territorios de Cundinamarca, Tolima, Huila, parte de Caquetá, Santander Magdalena, Córdoba y Cesar. El comisionado tenía instrucciones muy precisas en cuanto a su trabajo, que a la vez ratificaba los objetivos de la Expedición; debía explorar el terreno e inspeccionar las producciones naturales realizando listas de los principales árboles y preparando esqueletos para el herbario, demás de recoger piedras, cristales y otras muestras minerales. En cuanto a Zoología, debía registrar la existencia de cuadrúpedos, aves, insectos, caracoles, peces y reptiles, prestando especial atención a aquellos que por su singularidad mereciesen ser remitidos a los gabinetes reales; lamentablemente, la mayor parte de la información zoológica obtenida por las grandes expediciones de Mutis, Ruiz y Pavón y Malaspina en Nueva Granada, nunca fue publicada, y se utilizó para fundar el Gabinete de Historia Natural en Madrid (España); una muy pequeña parte de este material quedó depositado en Colombia.

A finales de 1928 llegaba por primera vez Luis Maria Murillo como entomólogo del Departamento Nacional de Agricultura y el gobierno entrega para su dirección la sección de Sanidad Vegetal; más tarde esta sección se transformó en una institución de gran envergadura dentro de la ciudad universitaria y fue durante su corta vida, modelo de consagración y de eficiencia. La formaban el Instituto de Biología del Ministerio de la Economía y el Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia. En 1939 se vinculó al Instituto de Ciencias Naturales el alemán Leopoldo Richter, quien permanece por espacio de 23 años, desarrollando una intensa tarea investigativa, particularmente con el estudio de los Membracidae (Hemiptera Auquenorryncha) de Colombia (Andrade-C., 1996).

Después de la independencia y cuando el gobierno se estabilizó, una de las primeras preocupaciones del vicepresidente Santander, fue la de organizar la investigación y la cultura en el nuevo Estado. Mediante decreto firmado el 22 de julio de 1823 se conformó la que se ha conocido como “Misión Zea”, empresa cuya finalidad era la de contratar científicos europeos cuya tarea era establecer en el país un Museo de Ciencias Naturales, una Escuela de Minas y organizar varias cátedras de ciencias naturales; la meta de la comisión no era la de promover una nueva expedición al estilo de la de Mutis, sino la de establecer un Instituto similar al existente en Francia, que debería contar con el respectivo gabinete de historia natural que sirviera como centro de investigación.

Las actividades curadoriales se fortalecieron en la década de los 70´ con la vinculación de los profesores Adalberto Figueroa, Rubén Restrepo (quien continuó la tarea de Richter) y la profesora Isabel Sanabria de Arévalo, quien se concentró en el estudio taxonómico de los Agromyzidae (Diptera). En la década de los 90´, se incorporaron los profesores Paulina Muñoz, Gonzalo Andrade, Germán Amat y Eduardo Flórez, quienes desarrollan su actividad investigativa y docente en los campos de la dipterología (Simuliidae), la taxonomía, sistematica, biodiversidad y conservación de la lepidopterología (mariposas), coleopterología (Scarabaeoidea) y algunos grupos de arañas y escorpiones, respectivamente.

La colección cuenta hoy con casi 100.000 ejemplares en seco, apropiadamente catalogados y con localidades de procedencia de todas las regiones del país. Ante la comunidad de entomólogos del mundo la colección se reconoce con el acrónimo ICN, seguida del literal que identifica el orden taxonómico. No obstante, el catálogo impreso de colecciones entomológicas de Arnett et al. (1993) que es uno de los más usados mundialmente, registra la colección con el acrónimo UNCB. La base de datos de colecciones del mundo desarrollada en la web por el museo Bishop (http://hbs.bishopmuseum.org/codens/) y construida a partir del catálogo de Arnett et al. (1993) presenta el acrónimo actualizado ICN.

En mayo de 1824 se firmaron los contratos con Bourdon y Goudot (preparadores y taxidermistas entrenados en el Museo de Historia Natural de París). Por iniciativa del mismo general Santander, el 1 de diciembre de 1826 se creó la Academia Nacional de Colombia, cuya meta era la de desarrollar las ciencias y las artes en la naciente República y colaborar con el Museo y la Universidad Central, antecesora de la Actual Universidad Nacional de Colombia, debido a conmociones políticas la Academia no prosperó debidamente.

Hacia la mitad del siglo XIX se produce una reforma universitaria con la cual se establece el Instituto de Ciencias Naturales, Físicas y Matemáticas a cuyo cuidado quedan el observatorio Astronómico, el Jardín Botánico, el Laboratorio Químico Nacional y el Museo de Historia Natural de Bogotá; la Ley 18 del 24 de abril de 1865 crea el Instituto Nacional de Ciencias y Artes al cual quedan adscritos el Museo, con colecciones de momias, insectos, mamíferos, peces, reptiles y aves.

En la primera década del 2000 se han incorporado los profesores Fernando Fernández y Carlos Sarmiento cuyas líneas de investigación se concentran en taxonomía y filogenia de hormigas y avispas (Hymenoptera), con énfasis en las familias Braconidae, Vespidae y Formicidae.

Este recurso contiene 6.170 registros, que abarcan desde el año 1905 al 2018, en 17 países con el 98% en Colombia.