La colección de Entomología del Instituto de Investigación de Recursos Biológicos Alexander von Humboldt (IAvH-E) es la única colección que nace con él. Esta fue establecida en el marco del proyecto Inventario Nacional de la Biodiversidad a partir de 1996. Actualmente la colección cuenta con aproximadamente 154.145 especímenes catalogados y sistematizados en el software Specify. La Colección de Entomología registra 17972 localidades que representan a 45 países. La colección ha tenido a través de su historia cuatro grupos banderas, los cuales han sido abejas, avispas y hormigas (Hymenoptera), mariposas diurnas (Lepidoptera Rophalocera), escarabajos coprófagos de la subfamilia Scarabaeinae (Scarabaeidae: Coleoptera) y chinches verdaderas (Hemiptera: Heteroptera). Hoy en día, la colección viene incorporando como parte del proceso de sus actividades la inclusión de material para ADN que nutra la colección de tejidos del Instituto Humboldt, es así, de 154.145 especímenes, 3243 están representados con tejidos en la colección IAvH-CT. En la colección reposan actualmente 1468 portadores de nombres tipos entre Holotipos, Alotipos y Paratipos. La colección cuenta con cerca de 4100 registros fotográficos que soportaran el trabajo que actualmente viene realizando en el marco del proyecto Colecciones en línea. Los nombres y autorías se encuentran en proceso de validación ya que la revisión del árbol taxonómico de esta colección se encuentra en proceso