A coleção possui mais de 47.100 lotes (estimado em mais de 500.000 espécimes), sendo 85% constituída de peixes de água doce da América do Sul e 15% de representantes marinhos da costa dos estados do Rio Grande do Sul e Santa Catarina. Compõe, juntamente com outras duas grandes coleções (MZUSP e MNRJ) o conjunto mais abrangente, atualmente disponível, para levantamento em grande escala da fauna de peixes de água doce brasileira (Nogueira et al., 2010). A coleção possui um elevado número de lotes da bacia do rio Uruguai, rios costeiros do Rio Grande do Sul e sistemas da Laguna dos Patos e rio Tramandaí, com representantes de praticamente todas as espécies conhecidas do Estado. Há também material representativo dos rios costeiros do Brasil e das bacia dos rios São Francisco e Paraná. Lotes da bacia amazônica referem-se principalmente aos sistemas dos rios Amazonas, Tocantins, Tapajós, Xingu, Purus e Madeira, no Brasil, e Ucayali no Peru. A coleção possui também representantes da região Nordeste do Brasil, a qual inclui 46 espécies. Esta coleção do nordeste é importante como referência para futuros trabalhos, pois a região possui seus rios altamente impactados pela ação de plantações de cana-de-açucar, represas e pelo povoamento indiscriminado de espécies exóticas. A coleção possui importante material testemunho de áreas do Estado, hoje transformadas em lagos para PCHs ou Usinas Hidrelétricas. O acervo conta com 14.110 espécimes-tipos, dos quais, 231 são holótipos.