Adicionalmente, el Herbario Nacional Colombiano cuenta con un conjunto de Colecciones Especiales, organizadas independientemente, constituidas por: las Colecciones Históricas correspondientes a la Colección José Celestino Mutis (proveniente de la Expedición Botánica del Nuevo Reyno de Granada, llevada a cabo entre 1783 y 1816) con 598 ejemplares, la Colección José Jerónimo Triana (1851-1857, con 5.000 ejemplares), a partir de la que cual se inicio al Herbario Nacional Colombiano y una pequeña colección del fundador del Herbario (Colección Enrique Pérez Arbeláez, realizada en Europa entre 1919 y 1922, con 175 ejemplares), Colección de Tipos (5100 Holotipos e Isotipos) y las Colecciones Industriales (relacionadas con certificados industriales con destino al Instituto Nacional de Vigilancia de Medicamentos y Alimentos - INVIMA, que consta de 517 ejemplares).

La organización de los diferentes grupos taxonómicos presentes en el Herbario COL siguen a un autor con algunas modificaciones. En Gimnospermas y Angiospermas se sigue a Engler (1936). En Pteridófitas se sigue a Engler (1954). Briófitas (Hepáticas y Musgos) y Hongos Liquenizados se encuentran organizados en orden alfabético de géneros y especies; sin embargo, en la nomenclatura se sigue en Hepáticas a Yano & Gradstein (1997) y para los Musgos a Buck & Vitt (1986), en Hongos Liquenizados a Hanssen & Jahns (1974). En Hongos se sigue a Hawksworth et al. (1984). En la Carpoteca y la Palinoteca las familias, géneros y especies se encuentran organizadas alfabéticamente. Debido a esta organización, en algunos casos la taxonomía de este recurso no está actualizada a APG III.

El número de catálogo puede tener duplicados. Para este caso se agrega una vocal al final, que no existe físicamente en el número sellado en el ejemplar, para poder diferenciar los números. El otro número de catálogo (otherCatalogNumbers) corresponde al código de barras que se le asigna a un ejemplar cuando es fotografiado.

El Herbario Nacional Colombiano (COL), del Instituto de Ciencias Naturales de la Universidad Nacional de Colombia fue fundado en 1936 por el Padre Enrique Pérez Arbeláez y posee cerca de 600.000 ejemplares, de los cuales cerca del 10% se encuentra en este recurso.