O Herbário da Embrapa/Cenargen foi criado formalmente em 1977 e é registrado pelo Index Herbariorum com a sigla CEN. Desde 2005 está instalado em um prédio que conta com instalações climatizadas, que incluem, além do acervo principal e duplicatas, sala para a montagem de exsicatas, biblioteca, laboratório de sistemática vegetal e sala de documentação das coleções, abrangendo cerca de 730m² de área. O Herbário CEN é registrado no International Association for Plant Taxonomy - IAPT e em 2005 foi credenciado como fiel depositário pelo Conselho de Gestão do Patrimônio Genético (CGEN/MMA), cujo ato se deu pela Deliberação nº 88, publicada no Diário Oficial da União, em 08/03/2005, Seção 1, nº 45, página 55. Funciona como um centro de referência, documentação e armazenamento de material-testemunho para a pesquisa e treinamento em recursos genéticos e conservação. A coleção do Herbário CEN inclui um acervo dinâmico com mais de 85 mil exsicatas cadastradas, cujo foco principal são plantas de interesse econômico, principalmente aquelas pertencentes aos biomas Cerrado, Amazônia e Caatinga. Destacam-se também materiais oriundos de inventários florísticos e materiais-testemunho de germoplasma depositado nas coleções vivas da Embrapa e do país. Nos últimos 22 anos, o Herbário CEN tem executado projetos relacionados ao inventário da biodiversidade e resgate de germoplasma (coleta de sementes, mudas e estacas) em áreas sob impacto antrópico, particularmente em empreendimentos hidrelétricos. Em virtude da existência passada e presente de especialistas nos quadros da Unidade em grupos taxonômicos específicos, o acervo do herbário CEN é particularmente rico em Arecaceae, Asteraceae, Dioscoreaceae, Euphorbiaceae, Leguminosae, Lythraceae, Ochnaceae, Orchidaceae e Poaceae, possuindo coleções importantíssimas de Arachis, Capsicum, Cuphea, Diplusodon, Manihot, Mimosa, Ouratea, Paspalum e Stylosanthes, para alguns dos quais o acervo do Herbário CEN é considerado um dos mais completos. A coleção conta também com 210 exemplares-tipo de diversos grupos e uma carpoteca com cerca de 350 amostras. O Herbário CEN atua também na coordenação da série “Flora do Distrito Federal, Brasil”, que já produziu dez volumes com monografias da flora do Distrito Federal. Mais de 85% das exsicatas do acervo possuem informações disponibilizadas on line.