O Herbário do Jardim Botânico Plantarum foi fundado por seu diretor, Harri Lorenzi, em 2002 o início de sua coleção, no entanto, remonta ao ano de 1990. Desde 2008 está indexado sob a sigla HPL junto ao Index Herbariorum, cadastro internacional de herbários. O Herbário HPL também integra a Rede Brasileira de Herbários (RBH), por sua vez ligada à Sociedade de Botânica do Brasil.Localizado no subsolo do prédio administrativo, o Herbário HPL dispõe de mais de 15 mil exsicatas em seu acervo, originárias, em sua vasta maioria, da flora nativa de nosso país.Entre as mais de 300 famílias de angiospermas, gimnospermas e pteridófitas que compõe seu patrimônio, o primeiro grupo respondendo por aproximadamente 95% dos acessos, destacam-se as coleções de Acanthaceae, Araceae, Arecaceae, Begoniaceae, Gesneriaceae, Maranthaceae e Passifloraceae. A sua coleção de tipos nomenclaturais exsicatas utilizadas na descrição original de uma espécie até então nova para a ciência e selecionadas por seu ator como sua permanente referência material possui mais de 40 cadastros, com destaque absoluto para as palmeiras (Arecaceae), em particular do gêneroSyagrus.O principal objetivo do Herbário HPL é documentar a diversidade biológica vegetal de nosso país, servindo também como suporte para as pesquisas e depositário do material testemunho dos diversos livros publicados pelo Instituto Plantarum, atestando a sua autenticidade científica. Por outro lado, em conjunto com as demais coleções biológicas, é fonte de material científico e didático para o desenvolvimento de várias e atividades e pesquisas realizadas pela equipe técnica do Jardim Botânico Plantarum.A coleção do Herbário HPL hoje é consultada por pesquisadores de todo o Brasil e de outros países, e são particularmente frequentes os intercâmbios de material com instituições de todo o mundo. A visitação pública, contudo, só é possível em horários pré-agendados pela instituição.