El monitoreo de aves en la laguna de Fúquene, hace parte del sistema de monitoreo participativo- SMP- diseñado por la Fundación Humedales en conjunto con la comunidad local “Asociación los Fundadores” y el apoyo de diversas entidades como el Instituto Alexander von Humboldt, la AUNAP, Fondo para la Acción Ambiental, Conservación Internacional y Ecopetrol con la finalidad de formular estrategias de conservación y uso sostenible y, seguimiento de la biodiversidad en la región de Fúquene constituyéndose en un proceso activo de generación de información sobre la situación de la condición y estado de los recursos del ecosistema, enmarcado en la gestión ambiental participativa como herramienta de manejo y uso racional de humedales. Actualmente el SMP se encuentra incluido dentro del plan de manejo del Distrito Regional de Manejo Integrado DRMI- Complejo Lagunar Fúquene, Cucunubá y Palacio (CAR, 2018).

Este proceso es parte integral del manejo de la biodiversidad, por lo tanto el monitoreo de aves va dirigido al seguimiento de la riqueza de la avifauna y estado de las poblaciones nativas focales o amenazadas tales como el Ranchero o chirriador Cistothorus apolinari, la china Porphyriops melanops, la monjita Chrysomus icterocephalus bogotensis, la chorola Rallus semiplumbeus y el gallo de junco Ixobrychus exilis bogotensis a través del cual se cuenta con información del estado de estas especies entre el año 2004 y 2018.