O acervo do Museu Botânico Municipal (MBM) é composto por 435.000 amostras, sendo considerado um dos maiores herbários do país e o maior da flora sul brasileira. É um acervo científico devidamente catalogado e identificado pelos mais conceituados especialistas, tendo como público alvo estudantes e pesquisadores das áreas botânicas e afins. Apresenta um programa de permuta de duplicatas de material botânico, mantendo intercâmbio com 207 instituições congêneres, sendo 53 brasileiras e 154 internacionais. Possui, atualmente, cerca de 2.900 typus nomenclaturais. Para poder manter esse intercâmbio, desenvolve um expressivo programa de coletas botânicas, realizando, de quatro a cinco grandes expedições anuais, geralmente aos estados da Bahia, Minas Gerais, Mato Grosso, Rondônia, Mato Grosso do Sul, Goiás, Espírito Santo, Tocantins, Santa Catarina e Rio Grande do Sul. Anualmente o acervo é incrementado em cerca de 6.000 novos espécimes. Além do programa de permutas de duplicatas, ainda promove o empréstimo de exsicatas para dissertações de mestrado e teses de doutorado, para pesquisadores brasileiros e de instituições fora do Brasil. A coleção do Museu Botânico Municipal é reconhecida por sua importância, estando credenciada como Instituição Fiel Depositária de Componentes do Patrimônio Genético junto ao (CGEN). É reconhecida internacionalmente, sendo referência para os projetos Flora do Estado do Paraná e Flora do Brasil 2020.