O Herbário CNMT iniciou suas atividades em 2010 e está lotado nas dependências da UFMT - Campus Universitário de Sinop, no Instituto de Ciências Naturais, Humanas e Sociais (ICNHS). Está situado no Município de Sinop/MT. O acervo do Herbário CNMT possui aproximadamente 7.000 exsicatas de diversos grupos vegetais (algas, briófitas, pteridófitas, gimnospermas e angiospermas) provenientes de coletas realizadas na região, principalmente em ambientes de região amazônica bem como de ambientes de cerrado, uma vez que o município está localizado em ambiente de transição cerrado-floresta amazônica. Além das atividades de pesquisa, o herbário CNMT atende pesquisadores e alunos de graduação e pós-graduação.Os dados das exsicatas estão inicialmente incluídos em um banco de dados desenvolvido em planilhas do programa Excel, sendo posteriormente migrado para o sistema Brahms. Atualmente o acervo está em fase de informatização.O herbário CNMT apresenta uma série de intercâmbios de material com diversas instituições nacionais e estrangeiras, além receber de visitas de pesquisadores. Os intercâmbios de material englobam a permuta de duplicatas visando identificação por pesquisadores ou somente incremento no acervo. Amostras da coleção podem ser emprestadas a especialistas, por períodos determinados, através das curadorias dos herbários onde trabalham.