El Herbario está compuesto por una colección general y cuatro colecciones especiales: colección de tipos, colección de maderas “Xiloteca”, colección de frutos “Carpoteca” y colección de hongos “ Micoteca”. La colección general se encuentra organizada según el sistema de clasificación de Cronquist (1981) para Angiosperma y la clasificación de J. A Crabbe et al. (1975) para Plantas inferiores y Gimnospermas. Cada familia está organizada en orden alfabético de géneros y especies y dispuestos de acuerdo al grado de identificación. Este recurso contiene 8.434 registros de la colección general, abarcando datos de todo el territorio colombiano con 94% del departamento de Chocó, comprende 2.222 taxones de 10 familias.

El Herbario "CHOCO" de la Universidad Tecnológica del Chocó, se creó en 1983, y comprende una serie de ejemplares colectados desde 1883 en toda la región del Chocó, una de las zonas mas biodiversas del mundo. La colección se alimenta de investigaciones realizadas por nativos y foráneos, quienes han muestreado gran parte del territorio chocoano.