Este estudio presenta un inventario de especies de aves y mamíferos que han sido registrados en los humedales del departamento de Córdoba, tiene como propósito satisfacer la necesidad de información del departamento en cuanto a la biodiversidad en estos ecosistemas que se encuentran bastante deteriorados, contribuyendo así como insumo para la toma de decisiones sobre el manejo y la conservación de estas especies. Se realizó revisión de información secundaria procedente de los instrumentos de planificación de la Corporación Autónoma Regional de los valles del Sinú y del San Jorge- CVS. Por otro lado se generó información cartográfica sobre los grupos de aves y mamíferos encontrados en el departamento de Córdoba en formatos shape file, usando el software ArcGis versión 10.2. Se encontraron 180 especies de la clase Aves y 49 especies de clase Mammalia. La zona con mayor representatividad de especies de aves fue Pueblo Nuevo, mientras que en Ayapel se presentó el mayor número de mamíferos. Por otra parte en las tres ciénagas del complejo Porro-Arcial-Cintura se registró el menor número de aves, debido a la intervención antrópica.