La fermentación del cacao es un proceso espontaneo asociado a la carga microbiológica, presente en el fruto, y determinante en el aroma de producto final, variaciones en el proceso fermentativo originan sabores indeseables y permiten la colonización de especies fúngicas, algunas productoras de micotoxinas. Esta investigación pretende realizar acompañamiento a productores de cacao del pacífico colombiano priorizados para el posconflicto, generando productos de alta calidad agroindustrial mediante el mejoramiento de los procesos de transformación, que beneficien a los productores de cacao haciéndolos más competitivos y que puedan acceder a mejores ingresos, al incorporar procesos de valor agregado a sus productos generando desarrollo rural.

Este conjunto de datos contiene la información de 8 registros de Theobroma subincanum (planta de cacao), colectados en la finca Villa Gladis del municipio de Tuluá, en febrero del 2020 y la identificación molecular de 57 registros de microorganismos aislados que corresponden a 2 subespecies, 19 especies y 16 géneros agrupados en los filo Proteobacteria, Firmicutes, Ascomycota y Actinobacteriota.