O herbário Joinvillea foi criado em 2003 recebendo este nome em homenagem à cidade de Joinville e ao gênero Joinvillea, com o intuito de documentar a flora local, regional, estadual e de estados vizinhos. O Herbário JOI é integrado ao Jardim Botânico da UNIVILLE e vinculado aos cursos de Ciências Biológicas, Farmácia e Engenharia Ambiental. Possui um acervo de mais de 12.000 exsicatas em seu banco de dados, principalmente de plantas de Floresta Ombrófila Densa e Mista, Restinga e Manguezal. A coleção conta com representantes de Angiospermas, Gimnospermas, Pteridófitas, Briófitas e Líquens, sendo Angiospermas o maior grupo. As famílias botânicas mais representativas são: Asteraceae, Bromeliaceae, Fabaceae, Lauraceae, Melastomataceae, Myrtaceae, Orquidaceae e Rubiaceae.